如何在Linux下升级R版本和RStudio

一、升级R版本

在Linux上，R的安装通常通过包管理器完成。不同的Linux发行版（如Ubuntu、Debian、Fedora等）可能略有不同。下面以Ubuntu为例，介绍如何升级R版本。如果你使用其他发行版，步骤可能类似。

视频教程地址：【生信圆桌】如何升级R版本和Rstudio版本教程_哔哩哔哩_bilibili

二.更新步骤

2.1更新R版本

作者这边使用的是Ubuntu 20.04版本,如果和你使用的操作系统存在差异的话可以将咱们的操作代码放到GPT上转换成你的即可。

• 添加源密钥

# 添加密钥
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

• 添加源

sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'

• 更新apt

sudo apt update

• 安装更新R

sudo apt-get install r-base r-base-dev -y

2.2升级Rstudio

如果你只升级了R 可能会出现Rstudio无法打开的现象，这个时候你需要在更新一下Rstudio Server 版本

sudo apt-get install -y gdebi-core

# Ubuntu20.04版本
wget http://ctcc1.xiyoucloud.pro:63332/static/rstudio-server-2024.04.2-764-amd64.deb -O rstudio.deb

# Ubuntu 22.04 版本
wget https://download2.rstudio.org/server/jammy/amd64/rstudio-server-2024.04.2-764-amd64.deb -O rstudio.deb

sudo gdebi rstudio.deb

升级过程比较简单,如果你看完还是信心不足的话。可以看看我们为您准备的视频教程操作，祝您生信学习顺利。

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三.最新版本已知问题：

1.seuratwrappers 包在R 4.4.1 版本安装不上。

四.其他

在升级之前，建议保存当前已安装的R包列表，以便在升级后重新安装：

r
复制代码
# 保存已安装的包列表
installed_packages <- installed.packages()[,1]
save(installed_packages, file="installed_packages.Rdata")