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一.开篇
不少生信的同学最头痛的就是安装R包了,版本不兼容依赖嵌套安装报错。还有不少同学只会 【install.packages("xxx")】这一种安装方式。导致大家在生物信息这个路上真可谓是如履薄冰。
二.R包安装4种方式(图文)
2.1方式一:最简单
install.packages("xxx")
2.2方式二:BiocManager
BiocManager::install("ChAMP")
使用BiocManager 去安装,但是有时候经常会遇到一些报错怎么办呢?
2.3方式三:利用github来安装我们需要的R包
通常我们点Github进去README的地方是会描述R包如何安装的,但是有些没有怎么办?通用公式remotes::install_github (项目名称/包名称)
# remotes::install_github (项目名称/包名称)
remotes::install_github("Bioconductor/HDF5Array")
2.4方式四:巧用搜索引擎
方式一/二/三 都不能安装成功呢?咱们去找他的源码
打开这个R包的介绍页,咱们往下翻找到【Package Archives】
如果你是windows 直接下载到本地即可,如果你是linux
然后在linux上执行如下命令
wget https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/ChAMP_2.34.0.tar.gz
如果是cran.r-project.org呢?其实大致一样找到R包源码下载下来即可找到【Package source】右键复制,如果你是linux操作与上面一致
下载后如何安装呢?
install.packages("/home/hadoop/ChAMP_2.34.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
三.总结
今天我们学习了R包安装的四种方式 ,这四种方式通常我们可以解决百分之98的R包问题了。最后祝大家生信路上都顺顺利利的,学有所成。
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